Emu80 точнее, т.к. учитывает торможение от ПДП (для обновления экрана), а Emu не учитывает. Насколько точен Emu80 может сказать только Pyk, общедоступных тестов не видел.
Если условия использования плеера позволяют, то лучше сделать как SegaBoy - синхронизироваться по кадрам.