У меня такая проблема была когда я дискеты записывал при помощи MST. Иногда по пол дискеты не видно было. Вообще MST странная штука. И образы не все видит, и дискеты векторовские не все может показать. Автор заявляет, что на векторе MicroDOS а MST написана для СР\М - а их таблицы размещения файлов отличаются, точно не помню, но вроде в MicroDOS на две системных дорожки больше, и по этому есть разного рода проблемы. Он так же сказал, что изменять программу не собирается, так как MicroDOS ему не важен.
Как то нужно было сделать подборку ASC с разными палитрами, записывал по 8 файлов с PC через MST, а на реале видел по два... Тогда не догадался, что разные варианты ASC были, и несколько как раз 16384 байт, их похоже я и не видел.. Если честно не помню уже как вышел из ситуации, скорее всего, записал программы непосредственно на образ CF в эмуляторе, или может заливал через LOADROM+ предварительно прогнав файлы через rom2wav.
На реале такого эффекта не наблюдаю, только когда MST пользовался было такое.