Я думаю, формат работает с диском напрямую, ему от системы нужен лишь консольный ввод-вывод. Я бы попробовал так:
1. грузим квазидисковую ОС с магнитофона
2. грузим на КД format.com
3. форматируем дискету
4. грузим нормальную ОС с магнитофона
5. грузим на КД sysgen.com и файл с нормальной ОС, например mdos34.com
6. записываем ОС на дискету sysgen-ом