Andrey_Ak, там все просто. Нужен дистрибут в котором имеется пакет fdutils, его почему то не везде кладут. Если нету, то скомпилировать самому.

http://fdutils.linux.lu/

Драйвер флопа в Линухе очень хороший, но естественно годится только для форматов FM/MFM, всякое MX, Apple// и Amiga не читается.

На том же сайте есть самоучитель, как определить формат незнакомой FM/MFM дискеты (на всякий случай):

http://fdutils.linux.lu/disk-id.html

Формат MY (а также MZ и Э-85) к счастью известен, это 10 секторов по 512 байт, 2 стороны и 80 дорожек. Предположим у нас дисковод 5" висит как B:, под Линухом это будет /dev/fd1

Код:
setfdprm /dev/fd1 QD sect=10 ssize=512 cyl=80
dd if=/dev/fd1 of=rt11.bin bs=512 conv=noerror,sync
Дает файл rt11.bin 819200 байт длиной, который напрямую подходит к эмуляторам. Можно поработать и записать образ назад, если поменять у dd параметры if и of.