Для начала, мне кажется, стоит проверить все сигналы м-у ПЛИС и РОМ на предмет наличия и залипушек, может обрыв где. А по предыдущему совету, проверить распиновку, если совпадает, то почему нет, алгоритмы прошивки РОМ через ПЛИС, думаю, не будут особо отличаться.

