Контроллер - свой, ну как, контроллер - дешифратор адресов и пара регистров для старшего байта. Где-то была схема.
Что касается сбоя - то мне кажется, ошибка где-то между винтом и компом. Такое было при первых играх с диском на метровом шлейфе без буферных усилителей. Но сейчас шлейф 10см, ЦХС-жёсткие диски - работают идеально. Может жёсткий диск такой, но 40гб туда ставить - жирновато)
Ну про хранение - таки несложный интерфейс можно сделать, а-ля забиваешь адрес в жд и пишешь/читаешь. У меня в мониторе выкошены п/п чтения и записи на магнитофон, на 300 байт можно разгуляться с любой подпрограммой)

