Что-то где-то перепутано, однако. Включение мотора должно быть после любой операции, если он к этому моменту успел выключиться. Даже при перечитывании той же самой дорожки. Перепозиционирование вроде по Enter сделано, это чтение того же самого сектора, но с передёргиванием головок через начало.
Если перепутано управление стороной и шагателем, то конечно будет ерунда, тут надо разбираться. Позже посмотрю исходники, напишу какие биты каких регистров за что отвечают.

