Одна особенность платы СМ1 (а точнее платы М6) в том что плате М6 для запуска необходим таймер. Даже если инвертировать функцию регистра, т.е. при включении по умолчанию таймер будет разрешён, то при запрете (запись в регистр) обратно будет не вернуть, процессор М6 остановится.

Что касается эмулятора то процессорным платам не требуется наличие таймера для запуска. Однако приоритет кнопки Таймер думаю определить так:
Запуск эмулятора видимо придется сделать с записью в регистр 177546. Далее если кнопка Таймер включена горит зелёным цветом. При этом если очистить регистр 177546 (запрет таймера) то кнопка остается нажатой но загорается жёлтым цветом и меняется название кнопки "Таймер откл.". Если кнопку отжать и нажать заново то загорается зелёным и происходит теневая запись в регистр 177546. В реале конечно такого нет, но этот вариант как компромисс между нажатой кнопкой и регистром.

Или сделать кнопку не фиксируемой. Просто меняет цвет и статус, повторное нажатие даёт зелёный и запись в регистр.

Разумеется это только для той конфигурации эмулятора где есть BDV11.