Неизвестна конечная цель. А то может быть задача имеет иное решение. Например, можно тупо все нули обрезать с конца файла, а потом после выполнения своих целей, нулями же и дополнить до полного размера. И тут уже не будет важна организация диска, скрытые данные и т.д.