По-моему для нового ретро нужно использовать разьемы IDC (простые 2 ряда штырьков в линию, double row pin header), ими можно платы сцеплять, вместо краевого разьема ставить, шлейфами соединения делать от платы до внешних разьемов (если такие кому понадобятся, типа DIN, DSUB и т.д.)

Питание лучше всего делать под ATX стандартный блок питания.

Всякие РТ4, РЕ3 и прочие конкретно хлопот доставляют, как и ХЛ8, лучше избавиться от них через обычную пзу типа i27128. Ну или если скорости не хватает, то вешать дешевую CPLD алтеры типа EPM3032, причем ставить её обязательно на отдельной платке подключенной к основной плате через IDC разьем, ато мало ли у кого другая CPLD или кто хочет пачку реальных ХЛ8 влепить.

Модуль памяти тоже желательно на отдельной плате типо как на Э-85.