В СР/М для каждого конкретного аппарата правится только БИОС. Ну и первоначальный загрузчик, естественно (в ПЗУ). С "довольно приличной SPI флешкой" я знаком только с проектом Алексея FOXYLAB Воронина, http://www.nedopc.org/forum/viewtopic.php?f=46&t=17239 , и хотя у него по сути эмулятор компа, что-то из общения с SPI можно позаимствовать.
Касаемо IDE - раз есть шина адреса/данных и чипселект, то и 8-разрядный IDE уже присутствует искаропки. Это просто нужно учесть Если сделать чипселекты аналогичные сирловским, то и биос сотоварищи возможно использовать его (с оговоркой - если в качестве последовательного порта использовать SIO, если же что-то стоит иное, ВВ51, к примеру, то чуток подрихтовать напильником нужно).
Куда копать - увы, но все вменяемые описание только на английском.
https://vk.com/doc117527293_437544986
https://vk.com/doc117527293_437544965
https://vk.com/doc117527293_437544955 (тут на русском принцип работы с системой)
"есть z80+64К RAM" - сразу вопрос: ОЗУ непрерывно и полностью доступно для процессора? Видеобуфера не содержит? Общение с последовательным портом как с устройством ввода/вывода или отображено на память? Исходя из ответов на эти вопросы можно будет выбрать путь развития.