Мелкота имеется в виду будут допаиваться микрухи в схему?
Насколько врубился в систему БК-шных "портов" - можно повесить на какой-нибудь свободный регистр выходы счетчиков.
Сами счетчики квантовать или с общего кварца компа (делить больше), или с сигнала КС. Примерно как INT в Спектруме.
В 11-й вроде уже есть прерывание по КС, вот этим импульсом счетчики и дергать одновременно.