При удвоенной частоте возможно придется подвигать фазу сигнала торможения, чтобы проц его вовремя схватил и отпустил, но это детали.
Да, это всё решается прошивкой РЕ3, но тут может всплыть другая проблемка: время задержки на К155РЕ3 может быть до 65 нс, а при частоте 6 МГц длительность полуцикла будет всего-то 83 нс, возможно потребуется долгая кропотливая подборка прошивки и чипов...