Я бы это назвал не миганием, а мерцанием. ЭЛТ-шное черезстрочное мерцание конечно заметно, но это не то же самое, что просто показывать на VGA два сплошных полукадра. На Ц64 и Амигах (АМИГААА!!) всякие FLI-моды страдают тем же самым. Можно подсмотреть кстати, как эмуляторы решают эту проблему.

Я думаю, что разумно иметь именно полукадры через строку и смешивать пары полукадров с протеканием друг в друга. Так сохранится и черезстрочность и будет замес, что максимально приближено к тому, что наблюдается на ТВ. Пиксельными шейдерами это должно элементарно делаться. Но я не знаю, что у эмуляторов внутри.

На DE1 сделать такое во VGA-режиме было бы проблематично, потому что надо делать буфер для целого полукадра. Я думаю не стоит оно того при том, что DE1 можно как раз подключить к телевизору и наблюдать там это "в оригинале".