Что-то я вообще не понимаю о чем вы. Вроде все в курсе, даже в описании на дискретку есть упоминание. Но ладно, повтрюсь. Кажется Vega предложил вариант "доработки", суть которой заключалась в том, что сигнал /DOS на SMUC заменяется на /IORQ.
Если по "правильному" порты SMUC должны быть доступны только из под TR-DOS, тоесть должна быть включена прошивка TR-DOS по адресам #0000-#3FFF, а обращение к портам из программ пользователя ведется через две точки в ПЗУ TRDOS. Никаким другим способом обратится к устройствам SMUC невозможно.
После "доработки" порты открываются на доступ из любого адресного пространства, и кроме того чтение-запись портов происходит значительно быстрее.
Практически все программы юзающие SMUC ориентируются на то что порты открыты на прямой доступ. "Правильным" способом к SMUC обращается похоже только ПрофПЗУ.