Мне, честно говоря, даже в голову не приходило, что можно попытаться распаковать блок с пересечением с упакованным файлом.
Имхо, в таком случае в распаковщик нужно добавить проверку - если в памяти достаточно места, то не делать копирование. Размер распаковщика, конечно, вырастет, но геморроя уменьшится.
С MegaLZ я не встречал такой ситуации ни разу - MegaLZ работает иначе или мне еще "повезет"?