Тупой вопрос: мелкосхемы впаяны предварительно проверенные, и требуемых серий (например - та критичная 531ТМ2)? Блокировочные кондеры развешаны? Питание уже мерял/дублировал? Я конечно шины утолщил и переходные отверстия по питанию продублировал, но хотя бы в область процессора нужно проводниками кинуть питание непосредственно с разъема куда заводишь питание, в особенности если питание заводится не через ATX (mini-fit 20), а через molex (от него по питанию есть "тонкие" места). Я там даже по плате контактные площадки "Vcc,gnd" разместил - и у разъемов питания и в разных критичных местах платы - чтобы дублирующий контур питания можно было проводниками аккуратно уложить со стороны деталей.