Видимо - никак. Эмулятор не должен решать за пользователя, как называть файлы, поэтому все одноимённые файлы попадают в каталог с одинаковыми именами и пользователь уже средствами RT-11 должен выбирать, какой из них ему нужен.
А при этом не будет ли глючить синхронизация с каталогом? например, при изменении одного из таких файлов он меняет своё место в каталоге, и в результате синхронизатор путает его с другим файлом?