может быть банально - установлена ли резисторная подтяжка на дисководе 5.25? и если установлена, то включена ли? на плате дисковода должна быть перемычка Т, или ТМ, вобщем она подключает общий резисторной сборки к +5В. если она не подключена, то контролер может вести себя неадекватно.