1. Альтерку обновить можно - но только под руководством знающих. VHDL для меня нов, я только его начинаю осваивать. Это асмы/си - мое все, а тут я пока профан.
2. Пины для usb-blaster'а можно положить куда-угодно Не углядел - чем нынешнее положение неудобно?
3. Вынуть из брюх больших ИМС мелочь - я за. При наладке если вдруг - логанализатором удобнее залезть.
4. SMD на нижнюю сторону - я сам не любитель такого, но если будут очевидные плюсы - то почему бы нет.
От меня:
Разъем FDD предлагаю развернуть на 180 градусов - чтоб можно было IDCC ( с защелками ) поставить.