К сожалению - пока никак. У MVV есть в планах написать для NES загрузчик с SD-карточки.

А пока ситуация такая:
- длины ромов все разные,
- чтобы утрамбовать их в EPCS16, нужно чтобы они следовали друг за другом.
- адреса ромов прописываются в loader.asm, который собирается в бинарник перед сборкой проекта
- затем этот loader.bin помещается в ROM-блок альтеры
То есть без полной пересборки проекта не обойтись.

Можно, конечно, пока подумать над тем, чтобы
1) ограничить ромы до фиксированной длины (скажем в 64Кб)
2) в таком случае пересобирать проект не надо будет,
3) а просто пересоздавать jic, подкладывая нужные ромы вместо старых

Еще как вариант - поставить простенький дистрибутив linux в виртуалке.

Я лично использую такую связку:
1) VirtualBox (с виртуальным диском в 15 гигов)
2) Linux BunsenLabs
3) Quartus 13.1 Web Edition, без ModelSim и только c поддержкой Cyclone IV
4) make, sjasmplus, php56, ... и другие зависимости
5) обмен с хост-системой через shared folders