1. Альтеры разные, насчет самых новых не уверен, я практически шил MAX II и Cyclone II, III.
2. Altera Quartus II
3. Прошивку еще не считывал, исходников нет, надо дизассемблировать, но их там немного и принцип работы Altera xxx Blaster уже расковырян - есть в Сети описание
4. Да