у меня на пентагоне 128 от китайских произвоителей было два коротыша: первый недотрав под маской, второй после лужения, поэтому не стоит им сильно доверять.
методика выявления таких проблем визуальная: очень облегчает если есть исходник печатки, где в редакторе можно выделить определенную дорогу и смотреть где и как она идет, или сканы плат с обоих сторон, печатаешь на одном листе с обоих сторон стараясь совместить дороги и выделяешь эту дорогу маркером, у Вас же насколько я понял вообще шик - еще одна чистая плата.

отметьте на ней D1, и смотрите проблемные места: рядом идущие дороги, переходные отверстия, посадочные места деталей. поверьте, это работает. а что за сигнал появляется на D1 и размах уже я так понимаю от 0 до 5В раз на бите D1 шины больше ничего не висит?