Ну на самом деле по секторное чтение не проблема для контроллера с USB. А обьем внутреннего RAM вполне позволяет читать сразу всю дорожку.
Чтение то непрерывного потока с постоянной скоростью - как бы не нужно. Да и вообще - скорость USB 1.1 примерно мегабайт в секунду. А скорость данных с флопов - 300 кб в секунду. взяв какой нибудь проц 120 мегагерц - можно еще и обработку потока успевать делать - не только его в реалтайме выкидывать.