Мини отчёт. Заменил логику на быструю (74ACTxxx), попутно ещё больше утолщил шины питания и кинул на общий все входы неиспользуемых ЛЭ (почему-то на плате этого не было сделано).
Поведение винчестеров не изменилось никак, по-прежнему десктопные прекрасно работают, а ноутбучные тупо в Z-состоянии.
Программно, а затем аппаратно подаю сигнал сброса на 1-ый пин IDE, и опрашиваю порт: никакого BSY и в помине не появляется. Совершенно одинаковое поведение с ноутбучным винчестером и с голым кабелем.
В общем, всё по старому. Только теперь мне стало совсем ясно, что винт вообще не воспринимает никакие сигналы с интерфейса, даже не пытается.

Взял обе схемы и начал сравнивать, в чём у них различие сигналов на IDE. Увидел единственное различие, и которое меня вот прям сразу напрягло - пин 28 (сигнал "SPSYNC:CSEL"): на работающей схеме на ВВ55 он висит в воздухе, на НЭМЕ он сидит на земле. Смотрю описание сигнала в доке по ATA: "синхронизация шпинделей или выбор кабеля", при этом сноска: "сигналы между накопителями", т.е. по идее хост туда не должен ничего подавать. Сегодня уже паяльник включать не буду, а завтра попробую отрубить землю с этого сигнала. Если трабла из-за этого, то будет очень смешно.