Сорри, вчера весь день был офф-лайн а тут столько всего навалило
Попытаюсь ответить:
1) Проект открывается в Quartus Web Edition 13.0sp1. Кажется это последняя ревизия кактуса, где еще есть поддержка семейства MAX3000A и 7000A
2) top-level entity называется правильно - karabas_nano, но пока проект не откомпилишь, в дереве всегда будет ошибка. Имхо, это нормально То есть как бы никаких дополнительных телодвижений по каким-то переименовываниям делать не надо.
3) у меня норм открываются и компилятся все ревизии, которые в github закоммичены