Нашел причину. Всё же плата...
Просмотрел на просвет и под лупой все точки пайки, практически, каждую иголкой "прощупал". Всё в порядке.
Начал смотреть на плате те места, которые были доработаны в этом варианте.
Нашел 2 ошибки.
1. smd м/с 7406, разведена со стороны пайки. 9, 11 и 13 ножки соединены вместе. Сюда приходит сигнал от 6D44 (Y). Рядом проходит дорожка +5В. На плате они оказались соединены.
2. Резистор "подтяжки" входа К-3 клавиатуры R33. Должен быть подключен к +5В. Фактически, на плате, со стороны пайки, к нему подключен ещё и "общий" проводник. Собственно, это и есть тот самый "коротыш", который я так долго искал...

upload image