я не скажу за конфигурацию ПЛИС с SPI микросхем памяти, но у меня на заводе стоят станки, в них стоят для хранения конфигурации 24с512. я их раз в год меняю
24C512 это ивасевые микрухи (I2C). У них вроде протокол другой.
А ПЛИС альтеровские или может Xilinx или еще какие?