Похоже, что отсутствие сигнала готовности от нулевого привода СМ 5631 и зависание микропрограммы форматирования связаны друг с другом. Первый привод выдаёт сигнал готовности и его форматировать контроллер пытается, а при форматировании нулевого привода контроллер до бесконечности ждёт готовности.
Контроллер определяет готовность привода по форме сигнала INDEX.
Тогда получается, что чтение и запись в СМ 5631 начало дорожки по сигналу INDEX не проверяют - ведь им достаточно сигнала разметки, а при форматировании надо ждать начало дорожки по INDEX. Весьма вероятно, что у нулевого привода этот сигнал неисправен.
http://pic.pdp-11.ru/images/rx01.png
- - - Добавлено - - -
Кстати, судя по интерфейсу между внутренним контроллером привода и блоком механики - в качестве блока механики RX01 / СМ 5631 может выступать любой дисковод - хоть 3" в режиме 720К, хоть даже эмулятор дисковода на SD карте.