Кстати говоря FDisk уходит в прошлое, его место занимает LVM - Logical Volume Manager. Насколько я знаю, это выглядит как одна большая MBR-партиция, остальная разбивка внутри нее. По типу Slices в BSD или Embedded RDB в AROS. MS-DOS такое не читает, разумеется.
Вообще можно сделать поддержку разных форматов, можно даже модульно.