Насколько я понял, речь именно о том, чтобы RESET остался RESETом... Если же выставить RSTDISBL - то RESET превратится в еще один вход-выход, ну и последовательное (ISP) программирование опционально "отпадет"...
Всё верно. Контроллер будет работать, его прошить заново не удастся. Поможет только либо параллельный программатор, либо Atmega fusebit doctor. Последним я несколько раз оживлял контроллеры.