Версия квартуса? Попробуй Квартус 9.1 Шить с подачей питания на прошиваемую микросхему (или девайс), убедиться, что программатор виден в квартусе. Можно попробовать запустить оболочку программатора от имени администрартора.
P.S. Сталкивался еще с таким моментом. Сначала нужно выбрать прошивку и только потом нажимать "детект". Попробуй прошивать плату отключенной от компьютера (но с питанием).





Ответить с цитированием