Если импульс в ШИМ центрован, то все шумы по идее будут на частоте дискретизации и выше
боюсь проблема лежит глубже - в самом принципе ШИМ, где при скважности приближающейся к 0 или 1 спектр сигнала будет расширяться до бесконечности.. поэтому отфильтровать его принципиально невозможно